Bagian Bedah dan Radiologi mula mula bernama seksi Chirurgie dan Operasi yang tergabung dalam Seksi Ilmu pengobatan Hewan. Pada tahun 1957 terjadi pemisahan dibawah pimpinan Dokter Sikar dari IPB sebagai kepala seksi dan dibantu oleh seorang asisten mahasiswa yang pada mulanya masih mengurusi semua kebutuhan seksi. Pada waktu itu belum ada pegawai yang diangkat, baru pada Oktober 1957 diangkatlah seorang pekerja yang diserahi tugas membantu pelaksanaan pembangunan seksi dan pada 1958 mendapat tambahan lagi seorang pekerja. Seksi Chirurgie dan Operasi pada awalnya bertempat di Sekip Unit II, kepala seksi Chirurgie dan Operasi menjabat sebagai dosen luar biasa dan bertempat tinggal di Bogor dan datang ke Yogyakarta setiap bulan sekali selama 1 minggu untuk memberikan kuliah dalam mata pelajaran: chirurgie umum dan khusus, ilmu penyakit kuku, ilmu penyakit mata dan ilmu operasi. Untuk pelaksanaan praktikum sehari hari dipimpin oleh seorang asisten dengan pengawasan dosen, dan operasi pada hewan hidup dilakukan di Poliklinik Hewan dibawah pimpinan Dr. Asoeng Pranoto dan drs. Djoemantoro dibantu oleh asisten dan para mahasiswa. Pada tahun 1962, Kepala Seksi ilmu pengobatan/ poliklinik hewan Dr. Asung Pranoto pindah ke Surabaya menduduki jabatan Kepala Lembaga Virologi Kehewanan, selanjutnya Kepala Seksi Ilmu Pengobatan dijabat oleh drh. Wardjiman Notowidjojo sampai dengan tahun 1972. Jabatan seksi selanjutnya diserahkan kepada drh. Trihardi, karena drh. Wardjiman harus berangkat ke Amerika melanjutkan studi Ph.D nya. Periode waktu jabatan habis, Kepala Bagian selanjutnya berturut turut digantikan oleh drh. Agus Budi santosa, M.S., dilanjutkan oleh drh. Sudarminto, M.S., Dr. drh. Hartiningsih, M.P dan Dr.drh. Dhirgo Adji, M.P. Seksi Chirurgie dan Operasi yang terbentuk pada bulan April 1957 di Sekip Unit II, pada tahun 1974 berganti nama menjadi Bagian Bedah dan pada tahun 1978 berubah menjadi Laboratorium Bedah dan Radiologi, yang menempati bangunan Poliklinik Hewan Kuningan dan bangunan di lt.5 Gedung V-2 FKH Karangmalang. Seiring berjalannya waktu, nama Bagian dirubah menjadi Departemen, sehingga kini menjadi Departemen Ilmu Bedah dan Radiologi.
Pelaksanaan program pendidikan di Departemen ini berdasarkan kurikulum yang sudah ditetapkan oleh fakultas dan disetujui oleh pihak Universitas yang dinyatakan dengan surat keputusan Rektor Universitas Gadjah Mada Yogyakarta. Dalam melaksanakan tugas pendidikan di Departemen Bedah dan Radiologi memiliki sebuah organisasi dengan beberapa staf dosen dan pegawai administrai dan laboran. Mata kuliah yang diampu di dalam Departemen ini meliputi: Ilmu Bedah Umum (S-1), Ilmu Bedah Khusus (S-1), Ilmu kepincangan (S-1), Ilmu Orthopedi (S-1), Biomolekuler Kesembuhan Luka (S-2), Anestesiologi Veteriner (S-2), Ilmu Bedah Lanjut (S-2), Ilmu Orthopedi Veteriner (S-2), dan Ilmu Radiologi (S-2).